La dedicazione dell’edificio al Signore Salvatore è importante perché implica il riconoscimento della natura divina di Gesù Cristo e anticipa di fatto di un decennio l’adesione ufficiale al Cattolicesimo della monarchia longobarda di fede ariana. Il mausoleo venne decorato e dotato di adeguate sostanze e si suppone che ben presto vi sia sorto accanto anche un monastero con la funzione di custodire l’edificio sacro e le tombe.

Nei secoli a seguire il S.S. Salvatore resistette sempre più faticosamente al succedersi dei violenti avvenimenti politici e militari che coinvolsero la città di Pavia, fino a che il sacco degli Unni del 924 costrinse i frati ad abbandonare il convento alla rovina. La rinascita avviene per volontà della regina Adelaide – moglie di Lotario Re d’Italia e poi di Ottone I Imperatore del Sacro Romano Impero – che rifondò completamente chiesa e convento.

Adelaide era principessa di Borgogna e il suo legame con quella terra si tradusse nel ricorso all’aiuto di Maiolo abate del monastero benedettino di Cluny dal 954 promotore della riforma che si prefiggeva di ripristinare la regola originaria di San Benedetto (preghiera, studio, lavoro, sobrietà di vita). Maiolo provvide alla riorganizzazione della vita monastica e Adelaide offrì le sostanze necessarie per il rifacimento della chiesa e del convento dotandolo di poderi comprensivi di abitazioni, rustici e terreni (e relativi privilegi) in numero ingente fra i quali, oltre ai terreni in prossimità dell’abbazia, ricordiamo almeno Corteolona, Garlasco, Siziano, i possedimenti del piacentino, nel tortonese, a Novara, ad Alessandria, a Milano, a Voghera.

Maiolo accettò la richiesta di Adelaide sulla scorta delle medesime garanzie d’indipendenza che regolavano l’abbazia-madre di Cluny: ovvero che nessuna persona o istituzione politica o ecclesiastica, compreso il Vescovo di Pavia, interferisse nella sua opera o sui beni o sui benefici del monastero, quali l’esenzione dalle tasse, riconoscendo solo la diretta sovranità del Sommo Pontefice; quindi nel 972 Papa Giovanni XIII, con una bolla indirizzata alla sovrana, dichiara di accettare il patrocinio sul S.S. Salvatore. Tuttavia nella seconda metà del Duecento la dispersione dei beni ecclesiastici è un fenomeno generalizzato che interessa tutto il Nord Italia e diversi documenti testimoniano anche per il S.S. Salvatore progressive vendite di terreni e cessioni di privilegi.

Alla metà del Quattrocento il complesso è quasi interamente decaduto. Il monastero risolleva ancora una volta le proprie sorti scegliendo di aggregarsi alla Congregazione di Santa Giustina di Padova, un movimento monastico riformato sulle esigenze di vita spirituale ed economica dell’epoca. La ricostruzione della basilica e dei chiostri attigui dura dal 1453 al 1511. Entro il primo quarto del Cinquecento vengono eseguiti gli affreschi e il ricchissimo apparato decorativo. È l’ennesima rinascita spirituale e materiale, quella che traccia la fisionomia architettonica e decorativa della basilica come oggi la ammiriamo.

Col passaggio dalla dominazione spagnola a quella austriaca, nel 1713, il monastero che fino all’inizio del Settecento disponeva di notevoli mezzi e indipendenza si vide cancellare privilegi e immunità, sottrarre beni mobili e immobili e dovette la sua sopravvivenza al riavvio di due cartiere ormai in disuso giocoforza poste al servizio dell’Università di Pavia per la produzione di testi per docenti e studenti su ordine dello stesso governo austriaco. L’apporto alla cultura del tempo, la pregevolezza e interesse dei testi prodotti non bastò a salvare oltre l’anno 1791 quella nuova attività che pure rappresentò uno sforzo intensissimo di adeguamento dei monaci per la propria sopravvivenza.

Nel 1797 il ministro degli affari interni della Repubblica Cisalpina decretò la soppressione del monastero e la confisca di tutti i beni da riassegnare all’Ospedale civico, occasione in cui andarono dispersi numerosi manufatti ornamenti e suppellettili del partito decorativo originario.

Il monastero è in concessione al Municipio quando nel 1859 l’autorità militare chiede di occupare “d’urgenza e temporaneamente” il complesso per alloggiarvi i Pontieri. Il monastero fu adattato a caserma e la chiesa a magazzino per il vestiario dei soldati. Il Comune poco dopo lo cedette al Governo così che la “momentanea” occupazione della basilica, che vide l’apertura di due finestroni nel transetto est ed espose al rischio di una demolizione la stessa chiesa, si protrasse fino al 1900, quando dal Ministero della Guerra fu ceduta a quello della Pubblica Istruzione su pressione (e previo risarcimento) della Società per la Conservazione dei Monumenti dell’Arte Cristiana.

Il 21 Marzo 1901, giorno di San Benedetto, si celebrò la riapertura ufficiale della chiesa al culto; mentre la dismissione dell’ex convento da parte dei militari per divenire demanio statale avvenne solo nel 1992.